Слово «Кидекша», вероятно, имеет финно-угорское происхождение. Завершающий элемент «-кша» принято считать словом неизвестного финно-угорского происхождения со значением «вода», «река», что подтверждается наличием в регионе нескольких малых рек с названиями на «-кша», «-кса». Некоторые ученые считают начальное «ки-» мерянским словом со значением «камень». Таким образом, слово Кидекша может означать то же, что нынешнее Каменка — «каменистая река». Вместе с тем, в путеводителях можно встретить и иное объяснение названия, связанное с русским словом «кидать», «покидать», и поясняемое тем, что Юрий Долгорукий забросил это место, на котором намеревался построить крепость. Другие авторы относят эту версию к народной этимологии.