Кидекша как укреплённое поселение существовала гораздо ранее того, как Юрий Долгорукий в 1152 году построил здесь церковь Бориса и Глеба[источник не указан 265 дней]. По легенде, здесь когда-то располагалось становище святых князей Бориса и Глеба. В частности, «Степенная книга» сообщает, что «на реце на Нерли в Кидекши близь города Сужьдали… бысть совокупное святых мученик становище, егда в Киев хожаху Борис от Ростова, Глеб от Мурома». Именно это предание послужило поводом для освящения главного княжеского собора в честь первых русских святых.

Кидекша во времена Юрия Долгорукого являлась отдельно стоящим укреплённым княжеским городком. Князь стремился к единовластному правлению, именно поэтому он построил свой двор отдельно от места поселения родовитых бояр. Находясь на берегу Нерли при впадении в неё реки Каменки, кидекшская крепость контролировала речные пути в Суздаль. Это был стратегически важный форпост княжества, поскольку именно по Нерли осуществлялась торговля суздальцев с другими землями, а в неурожайные годы по Нерли жители отправлялись за зерном в земли волжских булгар.

В конце XII — начале XIII века город Кидекша уже был большим: остатки валов были найдены к северо-западу от церкви Бориса и Глеба, соответственно, если южная линия валов располагалась на последнем склоне перед заливными лугами (сейчас там проходит автодорога), то общая длина крепости по линии север-юг составляла не менее 400 м. При ширине крепости от 150 до 300 м длина валов составляла не менее 1 км. Примерно такой же длины (около 1 км) валы были в Дмитрове и ненамного длиннее — около 1,4 км — в Суздале.

В 1238 году Кидекша была разорена татаро-монголами, и город вскоре потерял свой статус. В XIV веке на этом месте располагался монастырь.

Слово «Кидекша», вероятно, имеет финно-угорское происхождение. Завершающий элемент «-кша» принято считать словом неизвестного финно-угорского происхождения со значением «вода», «река», что подтверждается наличием в регионе нескольких малых рек с названиями на «-кша», «-кса». Некоторые ученые считают начальное «ки-» мерянским словом со значением «камень». Таким образом, слово Кидекша может означать то же, что нынешнее Каменка — «каменистая река». Вместе с тем, в путеводителях можно встретить и иное объяснение названия, связанное с русским словом «кидать», «покидать», и поясняемое тем, что Юрий Долгорукий забросил это место, на котором намеревался построить крепость. Другие авторы относят эту версию к народной этимологии.